「進撃の巨人」の あらすじ・ストーリーを原作漫画ペースでネタバレ解説。壁の秘密やレイス家の謎、クリスタの正体など、もっぱらアニメ2期〜3期に相当する最新ネタバレを取り上げています。
※このまとめはアニメ3期相当のネタバレを含みます※
作中冒頭〜シガンシナ区決戦までのストーリーをネタバレでまとめています。内容的には原作90話まで、おそらくアニメ3期の最終話までの内容になるかと思われます。
※以下ネタバレが続きます※
▼最低限おさえておきたい世界観概要（理解している方は次項へ）
作品の舞台である壁に囲まれた世界は”パラディ島”と呼ばれる島に存在する。
パラディ島は四方を海に囲まれた離島であり、エルディア人と呼ばれる民族が暮らしている。
エレンなど壁内世界に住む人間はエルディア人の子孫にあたる。
作中で登場する巨人は全て巨人化した人間であり、エルディア人である。
エルディア人は世界で唯一巨人化できるDNAを持つ。特殊な薬によって巨大化、知性を失い、人間だけに反応する生命体へと姿を変える。
古来、エルディア人の国、エルディア帝国は巨人の力と巨人をコントロールする技術を保持しており、巨人による大陸支配を成し遂げた。
3重の壁について
大陸を支配していたエルディア帝国だが、今から100年前の戦争によって大陸の支配権を喪失。
この結果、エルディア王族らはパラディ島へと逃げ込み、巨人による3重の壁（作中舞台）を建造。大陸側に対する防衛線を築いた。
パラディ島に逃げ込んだエルディア国王が持つ「始祖の巨人」。あらゆる巨人をコントロールできる力があり、3重の壁もまた「始祖の巨人」の力で作られた。
壁建造から100年。物語は「始祖の巨人」めぐる騒動をきっかけに始まった。
3期アニメ放送が決定した「進撃の巨人」最新ネタバレまとめ。
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▼【時系列ネタバレ解説】進撃の巨人のストーリーまとめ
-太古（※あくまでも伝承）-
ユミルの死後、その力は「九つの巨人」に分けられ、巨人化の力へと繋がった。
エルディア人はエルディア帝国を建国。巨人の力で大陸を支配し、ついには大陸国家マーレを支配下に置いた。
エルディア帝国の王家内紛が世界大戦に
マーレ独立の策略と相まり、「巨人大戦」と呼ばれる世界規模な戦争へと発展した。
エルディア帝国を支えた主要7家はマーレに寝返り、エルディア帝国による大陸支配は終焉を迎えることになる。
エルディア王族らがパラディ島に逃走
エルディア国王は、「始祖の巨人」の力で巨人による3重の壁を建造し、大陸国家マーレへの防衛線を築いた。
「始祖の巨人」には、あらゆる巨人を操る力があり、エルディア国王は、マーレに対してパラディ島へ侵攻すれば巨人の力で反撃すると脅しをかけた。
マーレ、エルディア帝国ともに手が出せず
マーレはエルディア帝国から奪い取った巨人兵力による軍備増強を行うも、エルディア国王が持つ「始祖の巨人」を恐れ、パラディ島への侵攻を断念。
一方のパラディ島では、エルディア国王が「不戦の契り」を締結。マーレへの脅しとは裏腹に、戦争、戦闘行為の放棄を誓い、自ら「始祖の巨人」の力を封じ込めた。
これにより束の間の平和が訪れた。
戦争は事実上の休戦状態に
戦後も大陸での反エルディア感情は止まず、マーレに取り残された残留エルディア人は迫害の一途を辿った。
マーレ政府は次々と残留エルディア人を拘束。パラディ島で巨人化させ、島を放浪させる巨人化死刑を行なっていた。
一度巨人になってしまえば簡単には死ねず、生きず死なずの無限地獄を味わうことになる。マーレはこの刑を100年続けていた。
パラディ島の壁外を放浪する巨人は、全て残留エルディア人の成れの果てであり、巨人化死刑によって巨人化した残留エルディア人が、同胞とも言える壁内エルディア人（主に調査兵団）を捕食していた。
「始祖の巨人」奪取計画
長年、パラディ島への本格侵攻を計画していたマーレは、エルディア国王が保有する「始祖の巨人」を物理的に奪い取る作戦を認可。
「始祖の巨人」の力を奪い取るには、同じく巨人になれる人間、エルディア人の協力が不可欠だった。
そのため、マーレは残留エルディア人の中からマーレ工作員を選別。その役目を担う者を「戦士」「名誉マーレ人」として一族ごと優遇する政策をとり、志願者を募った。
復権派
残留エルディア人の中には、エルディア復興のためレジスタンス活動を続けていた一派があった。
この活動の中心人物こそエレンの父・グリシャだった。グリシャはマーレ生まれの残留エルディア人で、妹をマーレ当局に殺害された過去からマーレに強い憎しみを持っていた。
始祖の巨人
グリシャは、エルディア国王が持つ「始祖の巨人」の存在を知り、「始祖の巨人」によるマーレ転覆、マーレの巨人兵力を無効化する計画を立案。
マーレよりも先に「始祖の巨人」を手に入れるべく、その準備に入った。
-18年前-
グリシャ逮捕、レジスタンスも崩壊へ
グリシャはパラディ島での巨人化死刑となった。次々と仲間が巨人にさせられる中、グリシャはエレン・クルーガーなる男に助けられ、一命を取り留めた。
エレン・クルーガーはマーレ当局に潜入していたエルディア人スパイで、「九つの巨人」の力を宿していた。
「九つの巨人」を持つ者は、自傷行為によって人間から巨人の姿になることができる。巨人化なお知性を保ち、巨人から人間の姿に戻ることもできる。
「九つの巨人」の力は他者に移譲することができる。ただ、力を継承した者は継承から13年で死亡する。これは一種の呪いとされ、原因は解明されずにいた。
エレン・クルーガーもまた巨人継承による余命わずかだった。そのため、エレンはグリシャに巨人の力を託し、壁内行きを命じた。
グリシャは「九つの巨人」の力を駆使して壁内世界へと来訪。町医者として素性を隠し、一方では「始祖の巨人」継承者を探し続けた。
-5年前-
グリシャがレイス家襲撃
グリシャの壁内来訪から13年。ついに壁内で「始祖の巨人」を継承していた王族・レイス家を探し当てたグリシャは、すぐさまレイス家を襲撃。
当時の「始祖の巨人」の継承者、フリーダ・レイスを殺害し、その力を奪い取った。
グリシャが巨人の力をエレンに移譲
グリシャが「九つの巨人」を継承してから13年近く経過、巨人継承による余命わずかだった。
グリシャは、息子のエレンに巨人化の薬を投与し、自身が持つ巨人の力を継承させるためエレン巨人に捕食された。
-時同じくしてマーレでは-
「始祖の巨人」奪取のため、マーレ工作員の選別、育成を進めていたマーレ政府。ついに作戦決行の時を迎えた。
この工作員にはアニ、ライナー、ベルトルトら6人が選ばれた。晴れて「戦士」「名誉マーレ人」となった彼らは、マーレ政府が管理する「九つの巨人」の力を授かり、パラディ島での任務に就いた。
先遣部隊としてアニ、ライナー、ベルトルト、マルセルの4人がパラディ島入り。「始祖の巨人」探索に入った。
ところがマルセルが野良巨人に捕食されてしまい、アニ、ライナー、ベルトルトの3人だけで作戦を実行することになる。
なお野良巨人とはユミルのこと。後に判明する。
（作中冒頭）
世界の危機を演出し、「始祖の巨人」継承者を炙り出すため、ベルトルトが超大型巨人の力でシガンシナ区の壁を破壊、壁内世界を混乱に陥れた。
ライナーも壁破壊に協力。アニは巨人の特性を活かして叫びによる巨人の引き連れを行った。
壁内世界の混乱に乗じてアニ、ライナー、ベルトルトは避難民として壁内世界入り。
今なお姿を見せない「始祖の巨人」継承者を探すため、王族に近い兵団入りを画策。エレンやミカサの同期生として104期訓練兵団に入団した。
-現在-
「始祖の巨人」を探すべくパラディ島に来訪したアニ、ライナー、ベルトルトだったが、依然として継承者は見つからずにいた。
アニは調査兵団との戦いで捕らえられ氷結化。ライナー、ベルトルトも「始祖の巨人（座標）」を持つと睨んだエレンの誘拐を実行するも失敗、逃亡生活を送ることに。
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「座標」については謎が多く、ほとんど考察レベルの情報しか無いため記載せず。「始祖の巨人」と同義とみられるが、別の意味を指すとの見方も。
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（ここからアニメ3期相当）
（アニメ2期最終話にて）巨人を操り、調査兵団の壊滅危機を救ったエレン。同報告は中央政府にも伝えられ、エレンは中央政府、中央憲兵による調査対象となった。
これはエレンが「始祖の巨人」を保有していると睨んだレイス家が手を回し、エレンの近辺調査を依頼したためだった。
レイス家はグリシャに「始祖の巨人」を奪われて以降、躍起になってその行方を探していた。
エレンの処遇めぐって中央憲兵と対立深めた調査兵団は、中央憲兵とのやりとりの中でクリスタがレイス家の血を引く人間であることを知る。
調査兵団はエルヴィン主導の下でクーデターを実行。クリスタを旗頭に、偽の王を追放、中央政権の権力掌握を図った。
レイス家当主、ロッド・レイスは中央憲兵を通じてエレンとクリスタを拉致。クリスタを巨人化させ、エレンの力を継承させようとするも失敗に終わった。
クリスタ自ら巨人化を拒否する面目丸潰れの事態となり、ついにはロッド・レイス自ら巨人化。ただ、エレン捕食を試みるも逆に討伐されてしまう。
これをもってレイス家は崩壊。レイス家の血を引く唯一の生き残りであるクリスタ（ヒストリア・レイス）を女王とした新政権が樹立された。
-2ヶ月後-
クーデターおよびレイス家の崩壊から早2ヶ月。ついに調査兵団がウォール・マリア奪還作戦を敢行、全戦力をシガンシナ区に集中させ、エレン実家の地下室目指した一大作戦を開始した。
シガンシナ区に到着した調査兵団は、エレン巨人の硬質化能力を駆使して超大型巨人によって開けられた穴を補修することに成功した。
ただ、シガンシナ区はすでにマーレ工作員らの拠点となっていた。
マーレ工作員の後発部隊として来訪したジーク戦士長は、ライナー、ベルトルト、ほか幾数もの巨人を率いて調査兵団との一大決戦に挑む。
ジークは「獣の巨人」の継承者で、ライナーたちを指示する立場にあった。
ジークは圧倒的な力で調査兵団を壊滅状態に追い込むも、リヴァイ奇襲により一転、窮地に追い込まれた。
ライナーは瀕死の重体、ベルトルトはエレンに討伐された。ジークは作戦続行不可能と見て戦線離脱、パラディ島を後にした。
一方の調査兵団もまた大損害を被った。エルヴィン団長含めた調査兵団の大多数が戦死。最終的に生き残ったのは9人だけだった。
エレン実家の地下室にたどり着いた調査兵団一行は世界の全容を目の当たりにする。
グリシャの残した日記（手紙）により、壁の外に世界があること、マーレという大陸国家のこと、かつてエルディア人が世界を支配していたことを知る。
そして何より自分たちの敵は世界そのものであり、パラディ島への軍事侵攻の機運が高まりつつあることを理解した。
-1年後-
クーデターによって偽の王を追放、新たな国作りに携わっていた調査兵団は、前政権時代に隠蔽されていた対巨人兵器を開発。1年近い時間をかけ、パラディ島の巨人を一掃することに成功した。
エレンら調査兵団は、ついにパラディ島の海岸線までたどり着き、初めて海を見る。そして新たな敵を認識するのだった。
ここから新章。4年後（シガンシナ区決戦から5年後）の話に突入。
