Switchで6000円代ゲームが94%割引されるゲームはクソゲー？

クソゲーとは限りません。クソゲーの可能性もありますがｗ

そういう大幅割引きをすると普通の値段だったら買わないような層が買ってくれます。そのうちの何割かでもそのゲームを楽しく思ってくれれば同じメーカーの次の作品を今度は定価で買ってくれる可能性も出てくるでしょう。
そういう大幅割引きは宣伝のようなものです。シリーズやメーカーの名前を覚えてもらうためにするのです。
PSだとフリープレイでそういう事をしたりしますが、スイッチにはないのでその代わりの大幅値引きでしょうね。

そんなわけですのでスプラトゥーン3のような売れるゲームがそこまでの割引きになることはありません。

スプラトゥーン3を国内1000万本くらいパッケージ版を出荷したら94%割引される可能性はある。
面白いかどうかでは無く需要と供給のバランスに反して作り過ぎたら値崩れする。
それは市場流通の少なかったクソゲーは、今やプレミア価格が付いて定価の何倍もしているソフトも存在していて、クソゲーだから割引されるという理論は間違いで、流通数に対して売れないから原価割れするのです。

>スプラトゥーン3が99割引されることある？

ありえない。
売れば売る程大赤字なことは商売として成り立たないのだから意図してやることはない。
それならフォーナイトみたいな基本プレイ無料みたいなビジネスモデルで初めからリリースする。