私の家ではスイッチA、Bの2台を所有しているのですが、同じアカウント「C」を使ってニンテンドー…

＞その上で今度、BのスイッチからCのアカウントでスプラトゥーン3をダウンロード版で買ったのですが、その場合AでもCのアカウントを使ってプレイすることは可能になりますか？

可能です。
eショップの「アカウント情報」から購入済みのゲームを再ダウンロードすることで遊べます。

https://www.nintendo.co.jp/support/switch/eshop/after.html#redl

ただし、2台同時に同じCアカウント（のユーザー）で遊ぶことはできません。