wiiuを初期化しようと思っているのですが、スプラトゥーンなどのデータも消えますか？ 詳しく教え

データは全て消えます。
使っていたNNIDを再登録すれば、その時ダウンロードしていた有料コンテンツ（ゲームソフトのダウンロードも含めて）が無料でダウンロード出来るようになります。（使っていたHDDやUSBのデータも認識するようになります）

ゲームをしてたアカウントを削除すればゲームのデータも消えます。