原神というゲームは危険なのですか？

今のところ特に危険性はないでしょう。
今回の騒動は、無知な人が騒いだのを無知な人が無意味に広めてしまったのが原因です。
利用規約もYostarやmiHoYoのゲームでは以前から書かれていた内容ですが、当然ながら問題になったことはありません。
アンインストールしても消えないプログラムは、アンチチートツールでゲームを起動させずに行うチートを監視しているものです。
それこそ、BF４や大手のゲームで利用されているPunkBuster等も同じように動作します。

ただ、ガチャがかなり渋いみたいなので、その辺は注意が必要です。