原神初心者です。 聖遺物は、５つ全部セットした方が良いのでしょうか？

同じセットで五部位揃えた方がいいかという意味なら、NO。
聖遺物を装備する画面に出ていると思いますが、同じセットを二部位つけたときと四部位つけたときにセット効果が付きますが、それだけです。
違うセットを２種類二部位ずつ付けるにしろ、１種類四部位で固めるにせよ、空いた一部位はどの聖遺物をつけてもセット効果は変わりません。

聖遺物はマイナスの効果は出ませんので、基本的に戦闘に使うメンバーには聖遺物装備枠は五個全て埋めます（セットが揃わなくても性能が高くなくても、無いよりはあった方が確実にいい）。戦闘メンバーで、一～四個しか装備しないという選択は普通はしないです。

序盤はテキトーなのを付けて、とりあえず5枠埋めとけばOK。余裕があれば強化。

その後は上位のやつが出る度に下位のレベル上げしたものを食わせていけば無駄にはならない。