対艦ミサイルを複数の目標に撃つ場合についての質問です。 対艦ミサイルを複数の目標艦艇に対してR…

海上作戦は専門ではありませんが、電子技術に関することですので、
回答させていただきます。

基本的に、敵艦艇に対するミサイル攻撃だけでなく、あらゆる脅威に対して、
各戦闘艦艇に搭載している戦術情報処理システムで処理を実施します。

艦艇の目となる対空レーダや光学装置により得た情報を、脅威度に基づき、
戦術情報処理システムが自動的に割り当てます。
世の中には様々な兵器があり、それに見合った対処行動があります。
そのため、対潜水艦戦闘には新対潜情報処理装置を、
対空戦闘には艦載用新射撃指揮装置を、
対水上戦闘には水上艦用EW管制システムを、といったように、
それぞれに特化したシステムが対応し、中核となる戦闘指揮システムがそれぞれをコントロールします。
護衛艦の種類によっては、より艦隊防空に特化したものや、対潜水艦戦闘に特化したシステムが存在します。

例として海上自衛隊のC4Iシステムを上げます。

ヘリコプター搭載型護衛艦のひゅうが辺りから、
新戦術情報処理装置ATECS (Advanced Technology Combat System)というものが搭載されています。
Wikipediaや防衛関連書籍に書いてある範囲での回答になりますが、
・新戦闘指揮システム ACDS (Advanced Combat Direction System; OYQ-10)
・艦載用新射撃指揮装置（00式射撃指揮装置3型 FCS-3）
・新対潜情報処理装置 ASWCS (Anti Submarine Warfare Control System)
・水上艦用EW管制システム EWCS
により、成り立ちます。

また、各艦艇は、戦術データリンクシステムによって連接することにより、
その割り当て情報を各艦のシステムに転送することが可能です。
その情報に基づいて、各艦が射撃を実施します。

また、これらの技術の集大成がイージスシステムを搭載した艦艇です。
近年では、アメリカ海軍と海上自衛隊がCECと呼ばれる共同交戦能力を保有した
イージス艦を導入しています。
特筆すべきこととしては、NIFF-CA（海軍統合型射撃・対空システム）という概念の存在が挙げられます。
ありとあらゆるレーダや光学装置をセンサーとし、戦場の情報をリンクし、
共有させることで、圧倒的な攻撃力及び防御力を実現します。
参考資料の画像を添付しますので、興味がありましたら、ぜひご覧ください。

ご質問に対艦ミサイルを含む長射程のミサイルを使用する場合は、
どうなのかとありますが、これはミサイルの誘導方式にいくつか管制方法があります。

最近の対艦ミサイルの導入技術の傾向としましては、
発射時点では、母機である艦艇に搭載したレーダ及び情報処理システムが解析した情報をもとに、発射を実施します。
中間誘導においては、慣性誘導が採用されることが多く、ミサイル自身の慣性装置で計算を実施しながら、敵艦艇の近くまで飛行します。
最終誘導については、ミサイル自身のレーダを使用し、電波を照射しながら、
敵艦艇のより正確な位置を更新することになります。
また、中間誘導の段階においても、GPSや母機からの誘導により、敵艦艇の位置情報の更新や目標変更を実施することが可能です。
対艦ミサイルにも多くの種類が存在しますが、弾道ミサイルや超高速滑空弾を除くと、敵艦艇への突入段階までは、比較的海面スレスレを航行することにより、敵レーダの探知を避け、突入段階でホッピングし、敵艦艇の艦橋付近を狙うミサイルが多いです。

補足への回答につきましては、簡単に回答させていただくと、
上記で終末誘導の説明をしましたが、この段階で、反射してくる電波の強弱により艦艇の形状が把握できます。艦橋付近の反射波が非常に大きく、もし被弾した場合のダメージも大きいので、艦橋付近に命中させるように設定されていることが多いです。
小型の艦艇に搭載できるような短距離のミサイルですと、熱源を探知し、追尾するものも存在します。その場合は、艦橋付近あるいは後方にある煙突に向かっていくことになります。

長文となりましたが、ご清覧いただき、ありがとうございました。