dsi用マジコンacekard2iでコードフリークのチートは使えますか？

根本的に機器によってチートの構成や対応ファイル形式が違うので無理だと思います。しかしある程度チートの構成がわかれば書き直せますがとても面倒くさいのでやめたほうがいいと思います。
チートが使いたければusrcheat.datを使えばいいと思います。ググれば簡単に出ます。