東方人形劇で、あるパッチを当てて同じファイルに入れたのですが 起動してみても変化がありません …

イマイチ何がやりたいかは分かりませんが、まずパッチのきちんとした当て方を以前回答しましたので参考にしてください。当てる前のファイルを読み込んでませんか？
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1322137333
ipsをsavに変えても何の意味もありませんよ・・・
拡張子の意味を簡単に説明します。
gba → ゲームのファイル （起動はこれ）
sav → セーブファイル (gbaと同じフォルダ内に置いておかないと動かない)
ips → ゲームファイルのデータ追加・変換
sgm、cltなどは今回は省きます。

gbaとsavのファイルは連動します。***．gbaに対応したセーブデータは***.savと言う名前で出来ます。
（エミュレーターのディレクトリの関係で、これらは同じフォルダ内に置く必要がある）

パッチについてですが、仮に***．gbaに+++.ipsと言うファイルを当てたら、+++.gbaが出来ますね。この時に***.gbaのセーブを+++.gbaに引き継ぎたかったら、***.savを+++.savと名前を変えます。本当は推奨される方法ではありませんが、公式にジョウト追加だったり、高レベルだったりを当てる場合なら問題は無いかなと思います。
補足で言われてるgba→ipsだったりsav→gbaに名前を変えてもデータの基本構造が違うので意味がありません、何もおきません。例えばsavなりの拡張子のデータを同じ拡張子の別の名前に変える場合に意味があります。拡張子を変えて意味があるのは、例えばワード(doc→txt)なりエクセル(xls→csv,dat)のデータ変換です。

あと画像では、全部のgbaを一緒のフォルダにしてますが、フォルダをgbaの名前に対応した分作って、それぞれに(gba、対応するsavを)移動して区別した方が良いですよ。（ちなみにこれだと大結界2ver0.61しかセーブが無い状態ですね）
先にデータの関係を説明しましたが、gbaとそれに対応したsavは同じフォルダ内にある必要があり、別々の場所だったり名前が違うとセーブデータが動きません。こういったエラーを起こさないように、データは区別・整理した方が望ましいです。まあ全部一緒のフォルダの方が見やすいって人もいますから、そこはお好みでどうぞ。