DSTTで3in1を使いたいのですが、何をコピーして何をリネームして、どの階層にいれればいいの…

DSTTの基礎知識とパソコンの基礎知識が一通りあることを前提に回答します。
GBAとしての起動のことですか？だったら
Rudolph（皇帝氏）のページから 3in1_ExpPack_Tool をダウンロードしてください。
http://blog.so-net.ne.jp/Rudolph/
http://www009.upp.so-net.ne.jp/rudolph/nds/3in1_ExpPack/

で、それを解凍して、microSDの任意の階層にセットします。
3in1_ExpPack_Tool.NDS ← 上記のファイルを解凍してできたファイルの一つ

でソフトリセットが利用できるようにするならば
SoftReset.TTIO ← TTMENU.DAT（DSTTのOSに入っている）をコピーして左記のようにリネーム

microSDのルート（一番上の階層）に次のフォルダを作成します。
GBA ← フォルダ
更に作成したGBAフォルダの中に次のフォルダを作成します。
SAVE ← フォルダ
でGBAのソフトを上記で作成したGBAフォルダに入れてください。

ここが参考になります。
http://www.geocities.jp/dstt_n/gba.htm#01
全体も一通り読むことをお勧めします。
http://www.geocities.jp/dstt_n/

ちなみにGBAのソフトはEZ4Clientでパッチ後、microSDのGBAフォルダに入れることを忘れずに！（全部じゃないけど）
ここも参考にしてください。
http://dswiki.7mc.org/wiki.cgi?page=3in1ExpansionPack