r4のカーネル、バージョンアップはファイルを入れ替えるだけでいいのですか？

基本は入れ替えるだけでOKですが以下のことが大切です。
Kernelの入れ替えやバージョンアップ時には設定初期化のために、必ず_DS_MENU.sysを削除しましょう。

ダウンロードした圧縮ファイルを解凍し、以下のファイルがあるかを確認します。
・_system_（フォルダ）
・moonshl（フォルダ）
・_DS_MENU.DAT ★
・_DS_MSHL.nds

microSDを開いた場所をルートディレクトリ（１番上の階層）といいます。
その場所に上記のフォルダやファイルがあると思います。
★印のファイル（このファイルだけが毎回VerUPされている。）を古いファイルにコピーして上書きすれば完了です。

あとは普通に起動すれば最新版になっています。

SDﾙｰﾄ直下の_DS_MENU.datﾌｧｲﾙを新ﾊﾞｰｼﾞｮﾝに上書き（実は旧ﾌｧｲﾙ削除後、投入が理想）、_DS_MENU.sysは初回起動時に自働で再構成されますので必ず削除。

これで起動を確認すると、DLしてきた新ﾊﾞｰｼﾞｮﾝになっているはずです。