FGOの今やってるイベントを王者級までクリアできるのですが、メダルで交換できるものと、花びら集め

欲しい報酬次第ですね。
種火やQP、マナプリズムなどの基礎的な素材や、秘石や塵、鎖、英雄の証などスキル上げで大量に必要になる様なアイテムを少しでも集めておきたいなら花びら集めを最優先にすべきです。
対して夢幻の鱗粉とか赦免の小鐘など、入手方法がまだまだ限られている素材が欲しい場合はメダル集めを優先した方がいいでしょう。

基本的に花びら集めに終わりがないので(集められるだけ集めて、箱を開ければ開けた分だけ得する)、花びら集め優先でいいと思います。
花びらを集めてると勝手にメダルも集まります。

また、無理に覇者級を回す必要はありません。超級、勇者級で回すのもokです。
自分のペースで、無理のない範囲で楽しく遊ぶのがベストです。