3DSのeショップが消える前にこれは買っとけというソフトはありますか？

恐らく、DSiウェアのソフトはeショップのサービスが終了したら、移植もリメイクもされずもう二度と手に入らなくなると思いますので、eショップのサービス終了前に買い集めておくことをおすすめします。

以下のソフトはどれも名作でオススメできます。
・鳥とマメ
・紙ヒコーキ
・10秒走
・スカイジャンパーソル
・おたからハンターサブマリンキットのぼうけん
・いけ！いけ！！ハムスター
・アッタコレダ
・ラビラビシリーズ
・いつでもボンバーマン
・いつでも釣日和シリーズ
・サカサシューティング
・密室からの脱出シリーズ
・art styleシリーズ picopict
・art styleシリーズ hacolife
・ドラゴンクエストウォーズ
・ミスタードリラー
・かっぱ道
・アノニマスノーツシリーズ
・ネクロマンサー
・大籠城シリーズ
・コロぱた
・シュウォッチ
・ゲームウォッチシリーズ
・エレクトロプランクトンシリーズ

dsiウェアは本体保存メモリーにしか保存できないので、容量にだけ気をつけてください(SDカードに退避することはできる)。

それ以外だと、3DSダウンロードソフトとバーチャルコンソールの名作ソフトやレアソフト、そして3DSソフトのダウンロードコンテンツを購入しておくことをおすすめします。

3DSダウンロードソフト
・ハコボーイシリーズ
・3Dクラシックスシリーズ
・引ク押スシリーズ
・怪獣が出る金曜日
・ラビラビシリーズ
・ナゾのミニゲームちょいがえ
・密室からの脱出シリーズ
・ポケモンARサーチャー
・RPGツクールプレイヤー
(無料で誰かが作った名作RPGが遊べる。)
・セガ復刻アーカイブスシリーズ(パッケージ版が高騰)
・イナズマイレブン123
(中古価格が高い、ダウンロード版だとセールで500円)

バーチャルコンソール
・サマーカーニバル92 烈火(実機版の価格が超高騰)
・へべれけ(実機版の価格が高騰)
・トリップワールド(実機版の価格が高騰)
・Kid Icarus: Of Myths and Monsters(実機版が日本未発売)
・ファンタズム(実機版の価格が高騰)
・バルーンファイトGB (ニンテンドーパワー限定)
・ファイアーエムブレムトラキア(ニンテンドーパワー限定)
・ゲームギア、PCエンジンソフト(実機で遊ぶのが難しい)
・名作ソフト(マリオ、ゼルダ、カービィなど)

ダウンロードコンテンツ
・ファイアーエムブレムシリーズ
(ファイアーエムブレムifはダウンロードコンテンツを購入しないと、選んでいないストーリーや第3のストーリーを遊べない。また、追加コンテンツを購入するのにストーリをある程度まで進める必要がある。)
・シアトリズムシリーズ(追加楽曲)
・newスーパーマリオブラザーズ2(追加ステージ)
・逆転裁判5、6(追加ストーリー)
・大乱闘スマッシュブラザーズ(追加キャラ、ステージ)
・ポケモンダンジョンマグナゲート(追加ダンジョン)
・すれちがいMii広場(追加ゲーム)
・引ク押スヒッパランド(追加ステージ)

追加コンテンツは自分が持っているゲームのものを買うだけでいいと思います。

うごメモとか？個人的に好きだったのは、なんとかマイナーっていう、マイクラみたいなゲームですかね。

ソリティ馬がおすすめです
競馬の騎手になって相棒となる馬にのってレースに出て育てながら勝っていくゲームなんですが、なぜかレース中にトランプゲームのソリティアが始まって
なるべく速く、なるべく場のカードを減らせば馬の調子が良くなってレースが有利になっていきます

電波人間のRPGシリーズも3DSだけだったと思います
wifiとかの電波を3DSのwifiで探知してソレが電波人間というキャラクターになるのでそれを捕まえてRPGをプレイするってもんです
1～3まででていて、さらにFREE版っていう基本無料の奴もありますが
これは強い電波人間やアイテムは課金必要ですよってタイプの長期的にやるやつですね