3DSのドラクエ8が若干プレミア化してます。スマホ版と中身の違いはあるのでしょうか?

あります。全然違います。

スマホ版は、オリジナルであるPS2版と比べて若干のシステム改良などが加えられたマイナーチェンジ版に過ぎません。

3DS版はスマホ版・PS2版に比べて
・新しい仲間キャラの追加
・追加イベント、追加隠しダンジョン
・イベントシーンのフルボイス化

など、大幅なボリュームアップがされている「リメイク」になっています。