龍が如く 維新 何故おやっさんは、井上に殺されたんでしょうか？

ネタバレになりそうですが、井上側からすると
「武智から殺害の依頼を受けたから」です。
私怨はありません。

武智はおやっさんに恩義を感じつつも
おやっさんの甘い考えに疑問を抱いていて、
自分の思想のためにはおやっさんを殺害する必要がありました。