質問です。戦国ＢＡＳＡＲＡ3の瀬戸内組に何があったのですか？ 教えてください。

毛利が大谷と「打倒徳川」の同盟を(表面上)組む
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官兵衛を使い、家康の仕業と見せかけて四国を壊滅させる
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航行から帰ってきたアニキ、焼け野原となった港に落ちていた徳川の旗にブチ切れる(この旗は官兵衛がわざと落としたもの)

ここからは選択肢によってガラリと変わりますが、一般的なルート(元親赤ルート，元就青ルート)で話を進めますと

毛利がアニキに「中国も徳川に襲われた」と嘘の手紙を送る
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アニキ、毛利と一時休戦協定を結び、家康を倒すため毛利の助言により石田軍(西軍)に入る
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色々割愛して関ヶ原の戦い
アニキ、家康を倒す
(家康はアニキが何故自分に殺意を向けているかは問い詰めず、アニキの怒りを全て受け止めて静かに討たれた)
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家康が討たれたことを知った毛利の態度は一変、大阪に兵を向かわせ大谷、三成ら石田軍を壊滅させる
そのまま中富川(四国)へ進軍、アニキと対立
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全ては家康(東軍)とアニキ(西軍)を戦わせ、疲弊しきった双方を潰す毛利の策であり、何の罪もない家康を怒りにまかせ討ったアニキを蔑みだす
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アニキ絶望、毛利にブチ切れ襲いかかるも返り討ちにされる
最期は身一つで毛利の輪刀に向かっていき、家康への謝罪を呟きながら絶命

長くなりましたがこんな感じです
他のルートですと、
・家康との誤解を解き二人で毛利を倒すルート
・四国を壊滅させた「張本人」である官兵衛を倒しにいくルート(毛利は官兵衛によって討たれている)
があります