PS2の信長の野望 革新の事についての質問なんですが、支城や本城の城主はどんな能力を基準に配置す

個人的には知力を最優先にします。
一番厄介なのが「威圧」「混乱」「籠絡」「火牛」などです。
それらを防ぐ確率は相手との知力差によって決定します。
単発の「槍衾」「早駆」「早撃」攻撃系はさほど上記と比べるとさほど脅威ではないので。

支城も原則同様ですが、年数経過で城主の能力が上がりますし、
給料も払わなくて済むので、
能力の高い野望値が高い部将を選びます。（毎年給料上がっていくので）

また、支城城主能力値80以上からボーナスが付きます。
統率80からは本城募兵時に史城兵士も増加する。
政治80からは民忠上昇値が増える。
この2つの効果が影響が大きいので優先します。
オール80以上の能力部将が望ましいですが・・・