信長の野望や三国志のような戦略シミュレーションゲームで何かオススメのゲームはありませんか 上記

ゲームの仕様が問題と言うよりは、プレイスタイルの問題ではないかと思います。

たとえば
＞戦略シミュレーションゲームだから仕方ないということはわかるのですが、小さい国の頃から付き従っていた愛着ある部下をどんどん入れ替えなければならないのも辛いです
といった質問者様のご意見ですが、ゲームの仕様として武将（キャラ）の入れ替えが強制されているわけではなく（ポケモンはプレイしたことないので分かりませんが）、あくまでもプレイヤーが自分の基準（たとえば能力値とか）で主力を入れ替えをしているだけではないでしょうか。
だから初期メンバーに愛着があるなら、そのまま使い続ければいいだけです（武将登用禁止縛りとか、初期メンバー限定縛りとかの縛りプレイですね）。

それと
＞国と一緒に部下が成長したり
という点ですが、これも自分の部下が成長するように、敵国にいる高能力の武将たちも成長していくわけですから、能力値基準で主力武将を選択するつもりなら、結果的に初期メンバーは不要になるのではないでしょうか。

ということで、ゲームシステムに不満がないのなら、プレイスタイルを変える、つまり主力武将の選択基準を変えて「縛りプレイ」をすればいいと思います。