FGOでエミヤオルタって新宿クリアすればストーリー召喚で手に入るのでしょうか？

いわゆるスト限なのでその通りですが
ストーリー召喚に追加されるだけで
出現率UPなどのピックアップ要素は一切ありません

ストーリー召喚でスト限鯖を狙うのは
はっきり言ってまったく現実的ではない低確率なので
スト限鯖はピックアップ召喚が来たら狙うのが
現実的な入手方法です
まあ実質限定鯖みたいなものですね

そうです。