FGOで聖晶片から聖晶石に交換する際に限界などあるのでしょうか？ 先日からなぜか交換できなくな…

ありませんよ。
そこはデイリーミッションなので、ウィークリーと書かれている欄を開く必要があります。
また、ショップの「聖晶片を交換」からでも交換することができます。