FGOのミッション報酬について質問です 現在第一部のストーリーをクリアすると各章ごとに石10個…

二部にもあります。

＞またこのミッション報酬はリリース当初から有ったのでしょうか
後から順次追加

＞もしアップデートで追加だったとしたら第二部までクリアしているマスターさん達は貰えたのでしょうか？
ミッション追加と同時にクリア扱いになるので達成になっています。FGOの場合は後からメインに何らかのクリアボーナスが増えたときはちゃんと補填します。例えば聖晶片が追加で報酬になった時はクリア済みのクエストで入手できた筈の分はきっちり配布されています。