fgoで引き継ぎコード作ってその後タイトル画面から始めたのですがデータが消えていました。 引き…

いいえ、そんなことはありません。
引き継ぎナンバーを発行した段階ではそのアカウントは現在の端末でログインされています。
別の端末で引き継ぎナンバーとパスワードを入力して引き継ぐことで初めて、元の端末のログイン状態が解除されます。
何らかの不具合である可能性がありますが、引き継ぎナンバーを発行しているならスタート画面からそれらの情報を入力して引き継げば戻ってくると思います。心配なら運営に問い合わせると良いでしょう。