FGOについて、宝具5のSイシュタルがいるのですが、キャストリアシステムに置いて村正を使用すること

ようするに｢宝具5のSイシュタルが既に手持ちでいるが、村正でもシステム代用できますか｣ということでしょうか。
汎用性が高いのは抜群でイシュタルです。クラス相性を考えずに使えるので、対ランサーまたはバーサーカーでしか威力を発揮できない村正と比べれば、周回で活躍してくれるのはイシュタルです。宝具5なら十分またはそれ以上です。

村正を狙うかどうかですが、あなたのセイバーの手持ちと見比べて必要かどうかを考えてください。好き嫌いでガチャを回すのではなく性能面や戦力的な面で考えているのなら手持ちと相談です。
セイバーの戦力が飽和状態なら無理して狙う必要は無いし、他にPUを待っている鯖のために石を貯めておくのもアリだと思います。
ただ、次いつPUが来るかわからないので単純に欲しいだけなら出るかどうかは別として回してもいいと思いますよ。