FGOで亜種特異点が出たのですが、これは１〜４と順番道理にやった方がいいですか？ ストーリーが…

急いでいるとかでなければ順番通りで構いません。「アガルタの女」に関しては「新宿幻霊事件」のネタバレがあるので、ここの順番は厳守することを推奨します。
「英霊剣豪七番勝負」に関しては特殊で、「宮本武蔵体験クエスト」の続きになっています。
また、期間限定イベント「深海電脳楽土SE.RA.PH」が「新宿幻霊事件」と「アガルタの女」の間に入ります。両者とのストーリー上の繋がりはないので飛ばしても構いませんが、レアプリに余裕があるならメイン・インタールードを開放すると良いです。
個人的な難易度は以下の通りです。
①英霊剣豪七番勝負
②深海電脳楽土SE.RA.PH
③ 新宿幻霊事件
④アガルタの女
⑤異端なるセイレム
「深海電脳楽土SE.RA.PH」は復刻版で追加された超高難易度がかなり手強いですが、こちらはストーリーにはあまり関係がないので含めません。

時間あるなら順番通りに全部やった方がいい。さっさと2部行きたいなら最低限新宿と英霊剣豪だけでもやってればストーリーにはついていける