FGOについてです。 卑弥呼の宝具って優先して上げるべきですか？

使うのであれば2は欲しいかな、とは思います。
NP減対策や、宝具レベルでの上昇値が高いからです。
又、クリ殴り主体となりますので100以上たまることも良くありますからね。
ただ3以上必要かというと、正直あまり効果は感じられないかと思いますね。

宝具の重ね掛けもそれほど難しくはないのですが、重ねたとしても宝具1でBバフ60、2で80、5で100です。

これにスキルのバフやマーリンバフをと想定すると
宝具1 Bバフ140
宝具2 Bバフ160
宝具5 Bバフ180

となり、2と5の差は宝具レベルのバフ差以上に少なく感じられるかと。

2体以上所持してるなら上げるべきです

あげなくていいです。