今のFGOの夏イベで、エミヤサイド(イリヤなど)とシグルドサイド(ブリュンヒルデ、マシュなど)…

そのへん、ほぼ全部今朝のシナリオで明かされましたよね…
レイシフトの際に違う場所に飛ばされていたんです。

マスターは本来のマスター（エミヤ側）と性別反転したマスター（シグルド側）の二人が存在していた模様。なので、いちおう『どちらサイドにもずっとマスターは居た』ということになります。いまのところ、シグルド側に居たほうが偽物であろうとされていますが実際どうなのか（本当に偽物なのか、何かの方法でマスターが分裂でもさせられているのか）はこの先のシナリオで明かされるでしょう。

居場所に関しては、湖を挟んだ別のコテージです。
今回の特異点にはコテージほかあらゆる建物が対称なかたちで２つづつ配置されていた（例えば「ホテルに行く」としたばあい、２つのコテージをA,Bとすると、同じ道順でたどり着ける場所にホテルA,Bが存在していたためそれぞれ違うホテルに行ったのに同じホテルに行ったと思いこむ）ため、お互い「自分たちが本拠地に待機しているチームで、もう一方は本拠地をでて調査を続けている別働隊」だと信じ込まされていた…というのが現時点でわかっていることですね。

レイシフトした時にバラバラになったでしょ、それぞれ別の場所にいる。なぜマスターと虞美人 キアラがどっちにもいるかは不明。
ちなみにエミヤサイド シグルドサイド視点が変わる度に主人公の性別が変わってる。