幻塔について 暗号ボックスや、補給倉は開封しても一定時間経てばランダムで配置されますか？

暗号ボックスは一定時間経てば同じ場所に再配置されます。
補給倉は探索度等にも影響が出るため、一度しか開封できず、再配置はされません。
修復中の補給倉もたまに見かけますが、それは再配置中という訳ではなく、ゲーム開始時から一定時間経ってから開けられるという意味です。
ちなみに、レベルが45以上になると青の、55以上になると紫のボックスのパーフェクト解読時の報酬がアップします。ですので、それまでは強制解読をしてチップを温存することをおすすめします。