ポケモンのエンテイって人間がへんかしたものですか？

それは違ったかと。
「かつてのカネの塔の焼失事故に巻き込まれ焼死した名も無いポケモンを
ホウオウがエンテイとして蘇生させた」とも、
「新しい火山が出来るたびに生まれる存在」とも言われています。

人間がエンテイになったような描写は劇場版3作目にありましたが、
これはあくまで「アンノーンが見せた幻」であり
本物のエンテイでは無かったはずです。