ポケモンの映画って毎回タイトルが少し変わりますよね。 例えばディアルガVSパルキア→ディアルR…

ミュウツーにかぎってはもともとゲーム内で存在が明らかになっていたので映画タイトルは変わらず
ミュウツーの逆襲のままだったと思います

おもに新しい伝説の名前がふせられる形が多く
ルギアでは初めは
幻のポケモンX爆誕→幻のポケモンルギア爆誕
となっていてポケモン映画の第二弾が発表の際のポスターがルギアの部分が抜けていてXになっていました、
その後ルギアの存在が発表されXの上にルギアの文字が乗り、シルエットがなくなった感じです、下の画像は当時ルギアが発表される前の映画ポスターです、今はあまり見かけません。

同じようにエンテイの時も
結晶塔の帝王→結晶塔の帝王エンテイ
となりました、映画第三弾（エンテイ）が発表されたばかりのころのポスターではエンテイは黒い影になっておりエンテイが発表されてからエンテイが影から本物になり、タイトルにアンノーンでエンテイとなりました。

セレビィからはあまりくわしくわかりません、発表されたばかりのポスターの画像も見つかりませんでした、すいません
名前がタイトルのほとんどを占めているのでそのままだったか、
当時では 時を超えた出会い→セレビィ時を超えた出会いかもしれないです

名前が変わっていないのは「ミュウツーの逆襲」でそれ以降では伝説のポケモンの名前がないことが多く大体変わっていると思います
また二本立ての短い30分のポケモンしか出ないサブの方ではタイトルが変わることはなかったと思います