原神の連携はどれをするのが安全ですか？メールアドレスとユーザー名はしてます

メールアドレスで登録しているという事は、HoYoverse通行証（旧：miHoYo通行証）で二段階認証をしている事になります。

Appleidや Googleアカウント、SNS連携は行う必要はありません。
もしろセキリティを下げる事になります。

原神のログインパスワードと、メールアドレスのパスワードを異なる物にしておくのが重要です。