ドラクエ5のグランバニア大臣が本格的にジャミたちとグルになったのはパパスが王国を離れてから？

恐らくそうでしょうね。
パパスが国を離れて、弟オジロンが即位。
しかし、オジロンは指導力や安心感に欠け、
王として頼りなかった。
そこに目を着けたのが、権力に目が眩んだ大臣。

主人公が国に帰った時に、
「あれではどっちが王様か分からない。」と言われる程、権力に執心。
主人公暗殺（未遂に終わる）や妻誘拐の手引きをする、と暗躍。
しかし、結局は魔物に利用されていただけの人で、
最期には主人公に謝罪して死亡します。
https://wikiwiki.jp/dqdic3rd/%E3%80%90%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%83%90%E3%83%8B%E3%82%A2%E5%A4%A7%E8%87%A3%E3%80%91

長く捉えるならば、マーサが主人公を産んですぐにマーサを誘拐させた頃のも関係あるかもしれないし。

あるいはずっと関係はなかったが、主人公がグランバニアへ帰還した頃に、高貴な身分のものから魔王を揺るがす伝説の勇者が生まれるということで、急遽ジャミたちが大臣に近づいた可能性もあるかもしれませんね。

わかりませんけど。