龍が如く極2でクリア後のブレミアムアドベンチャーで本編でやり残したサブストーリーは全部出来ますか？

できますよ。
https://kamigame.jp/%E9%BE%8D%E3%81%8C%E5%A6%82%E3%81%8F%E6%A5%B52/%E6%94%BB%E7%95%A5%E3%82%AC%E3%82%A4%E3%83%89/%E5%8F%96%E3%82%8A%E8%BF%94%E3%81%97%E3%81%AE%E3%81%A4%E3%81%8B%E3%81%AA%E3%81%84%E8%A6%81%E7%B4%A0.html
>サブストーリーは、出現条件を満たしていれば好きなタイミングで始まることができる。

>サブストーリーの受注に時限要素はないが、神室町と蒼天堀それぞれの時間(昼、夜)により、サブストーリーの開始ができない場合がある。

>攻略したいサブストーリーが発生しない場合、時間帯を変えて訪れてみよう。