龍が如く4に登場した笹井組は直系昇格する前に解散したんでしたっけ？

そうですよ

笹井組は同じ堂島組内の柴田組と直系昇格争いをして冴島の件で笹井組は柴田組に敗れ昇格できず東城会の3次団体のまま解散しています

なので東城会直系堂島組内笹井組という3次団体です