もうすぐスプラトゥーン3が 発売されますが 1つのダウンロード版を2つのSwitchで 同時に起動

使い方によっては可能です。
具体的には、購入ニンテンドーアカウントに連携していないユーザーが購入ニンテンドーアカウントの「いつもあそぶ本体」を、購入ニンテンドーアカウントに連携のユーザーがそれ以外の本体を使ってください。「購入者+それ以外」という組み合わせでしか使えないので、購入していないユーザーが2人同時、というのは出来ません。また、ローカル通信は出来ません。

同時に起動することは不可能です。