任天堂のスプラトゥーンってWii Uでしか出てないですよね？3dsで出る予定とかはありますか？

はい
ないです。。。。

時々、両ハードで同じようなソフトが出ることがあるだけで、そもそもソフトはハードごとの開発だと思います。

両ハードで出る場合には同時発売ということが多いでしょうから、「３DS版スプラトゥーン」の発売の可能性は低いとしか言えません。

もちろんゼロとも言えませんが。

スプラトゥーンのキャラクターや世界観を用いた、別のゲームだったら可能性はあるでしょうね。
WiiUそのまんまの内容を3DSで、というわけにはいきません。
そもそも、ピクミンの移植を断念したわけですから・・・。