今度Splatoon(スプラトゥーン)を購入して、オンライン対戦をしようと思うのですが中古を購入

スプラトゥーンに限らずほぼ全てのゲームは中古でもオンラインで遊べますよ。

おそらくその店員の方は「既にオンラインのサービスが終了した数年前のソフト」や「付属しているオンラインを遊ぶためのコード(これは後で購入できたりします)がついていないソフト」について言ったと思います。

スプラトゥーンのオンラインサービスは最低でもあと3〜4年はできますし、WiiUのソフトはセーブデータが本体に保存される仕組みなので、中古のソフトを買って前のデータでオンラインが遊べないといったことは一切無いので大丈夫です。