プリコネのクラバトなんですが、3-3ってどういう意味ですか？

状況次第ですが、大体前者です。

・3体目のボスを倒して、残った持ち越し時間でもう一回3体目のボスを倒しに行くという宣言
・3周目の3体目のボスを倒しに行くという宣言

前者の場合は3-3貫通などと表現されることもあります。

プリコネってクラバトの仕様の一つにボスを倒すと残り秒数+20秒が帰ってきてその時間でもう一度までボスを殴れるって仕様がある。
3-3ってのは本凸(いわゆる最初の凸)でボスワンパンを殴って帰ってきた秒数でもう一度ワンパンすること。