PS3でダウンロード配信してるメタルスラッグ3はオンラインとトロフィーが対応しただけですか？

それだけ。
ゲーム内容はオリジナルそのまま。
アーケードアーカイブスはオリジナルの手触りを重要視しているからオンラインなどシステム周りの改良はともかく、ゲーム性には手を加えていない。