FGOリセマラでコヤンスカヤ手に入れて初心者限定？の再臨でレベル90まであげたのですが、スキルは何

スキルを上げる順番は1→3→2でいいと思いますが、始めたばかりの初心者さんではスキル10/10/10にすることができない(確実に素材が足りないし、2部の素材を大量に要求される)ため、
一旦スキルは後回しにして、
「ストーリーを進めてもう1騎星5サーヴァントをもらう&レベル上げする」、「引けたその他星4、星3のサーヴァントのレベル上げ」が優先だとおもい思います。

1騎のサーヴァントだけで勝ち進められるゲームではないので、まずは数を揃えるのが優先です。

基本的に宝具が強いゲームですので
NPをチャージ出来るスキル1を優先しましょう。