龍が如くは暴力団を美化してますか？

していないと思います。
主人公の桐生一馬、春日一番はヤクザではないですし(まあ元ヤクザですが)
暴力団の悪い所(みかじめ、暴力など)をしっかり悪役や、雑魚的がやってくれているので美化という美化はしていないと思います。