龍が如くのムービーなんかで 『とどのつまり』という言葉が 出て来ますがどういう意味ですか？

最終的に、結局は、って感じの意味です。

成長につれて名前が変わる出世魚にボラという魚がいてそれが最終的にトドになるからという説と、止め（トドめ）を刺す＝終わらせるという意味から来ているという説がある。