「龍が如く６」の小清水が空砲で清美を匿ったシーンですが、小清水はどのタイミングで弾を抜いたのでしょ

元々小清水が殺すつもりはなく、先に弾を抜いておいた、としか考えられません。
染谷の行動をみて考えが変わったとなると、あれは出来ませんし。

まぁ、4移行、ストーリー的には謎や矛盾も多いので、そこら辺を気にしたら負け、くらいじゃないと気になる所は多いですよ(^^;