龍が如くのサブストーリはその章にしないと後からできないんですか？

どの章からでもクリア後でも出来ますよ。じゃないとコンプリート出来ませんからね ただ章の段階によっては神室町と尾道を自由に行ったり来たり出来ませんから 例えば神室町でやり残したサブは戻ってからになります。