戦国basaraについて質問です。 私は戦国basaraはアニメやマンガでしか持ってません。 …

1：家康が光、太陽で三成が闇、月になぞらえられて、対の存在である、という描写をされていますが、どちらが正義でどちらが善、ということではありません。お互いにお互いの正義、目指すものがあり、交わらないがために敵対しているという形です。
家康は東軍、三成は西軍の総大将であり、他のキャラは東西両軍どちらか（あるいは独自陣営）に属していますが、それも別に家康が正義の側だから家康に着くとかそういうことではなく、それぞれのキャラに思惑や願いや果たすべき目的があって、そのために有利な方につく、ということです。
ですので、ものの見方は善悪ふたつだけの単純な話ではないのです。そのキャラの持つ背景、東西どちらに属するか、そういったもので、同じ武将でもあるルートでは東軍に属し、別のルートでは西軍に、とさまざまに変わってきます。

2：3における市は、本能寺の後正気を失い織田の残党に第五天魔王としてまつりあげられている、という設定です。
1でも述べましたが、プレイするルートによって同じ武将でも東西どちらに属するかは変わってくることもあり、市もまた、東に属す場合と西に属す場合と両方あります。質問者様が見たのがたまたま西軍ルートだっただけで、家康に保護されて東軍に行くルートもありますよ。
史実では関ヶ原より前に死んでるのに、という点では元就も元親も似たようなものなのであれですが、何故市もその枠なのか、という点については、プロデューサーのお気に入りキャラだから、としか…。

3：3は関ヶ原の戦いを主軸に置いているので、基本的に『関ヶ原の戦いに至るまでにどう動くか』というゲームです。
別にゲーム内のステージ全部関ヶ原、というわけではないですよ。
関ヶ原ステージは多いですが、それ以外にも北は津軽から南は薩摩まで、各地のステージが用意されています。その中から、武将ごとに用意された進軍先を選んでステージをクリアしていく形式です。ルートによっては大阪の陣とかも出てきますよ。

なお、4はまた全く別の時間軸の設定です。
織田も豊臣も健在であり、各地の武将が己の野望を掲げて戦う乱世、日本の頂点である地位『将軍』の座にあった足利義輝が突然その座を天に返す『天政奉還』を宣言したことで、あるものは将軍の座を狙って、あるものは己を高めるために、それぞれが思惑を抱いて動き出す…というようなストーリーです。
史実で言えば室町末期辺りでしょうか、ただBASARAのお約束で4もいろんな時代のエピソードが混ざっているので、一口にどこが舞台です、とは言えないです。