スーパーファミコンでpc9801の信長の野望(例、武将風雲録など)の音楽やコマンド画面などを同じ様

残念ながら厳しいでしょう。

グラフィック面…
モニターの解像度が違いすぎます。
スーパーファミコンは基本的には256×224ドット。
対するPC-9801は640×400ドット、ものによっては640×200。
スーファミはブラウン管テレビにつなぐ前提だったせいもあるのですが、98と比べて単純に1ドットが4倍デカいのです。
98と同じサイズで漢字を表示するだけで、大半がツブれて読めなくなるでしょう。

操作面…
スーパーファミコン版(に限らずコンシューマ版)は基本パッド操作ですが、PC-9801版は基本的にマウスで操作します。
…確かに「スーパーファミコンマウス」も存在しましたが、普及数が少なすぎるので…
マウスオペのゲームをマウスオペ仕様のままパッドで、その上で操作ミスや遅延などのストレスなしで操作するのは事実上ほぼ不可能なので、どうしてもパッド操作に合わせたローカライズが必要となります。

音楽面…
スーパーファミコンはPCM音源でありながら音楽に使用できるメモリが極端に少なかったので、一般的なFM音源やPCM音源で作った楽曲をそのまま持ってくることは難しかったようです。
ファミコンの『ラグランジュポイント』という作品では、ソフトカートリッジの中にチップを入れ強引にFM音源の音を鳴らしていたので、PC-9801そのままの移植も不可能ではなかったのかも知れません。
が、そのぶんソフトの単価が高くなるので…
もっとも、当時の信長や三國志はそうでなくてもじゅうぶん高額でしたけれども。

解像度がちょっときついかなー

PC-9801は640×200ドット または 640×400ドット
スーパーファミコンは標準が256×224ドット、2倍にできますがインターレースなのでテレビに映すとちらついて細かい文字は読みづらくなります（この解像度を使っていたのは、アーケード版がパソコンと同程度の高解像度だった『サイバリオン』のストーリーテキスト表示くらいだろうか。これもスーパーファミコン版は文字がちらつく）。

音楽については音源が違う（当時のパソコンはFM音源、SFCは波形メモリ音源）ので何とも言えません。パソコン版もそれなりにチープだったので、オーケストラ演奏のCDが付属するwithサウンドウェア版があったわけです。