FGOで3ターンで倒すとなんかいい事あるんですか？

効率よく素材が手に入るくらいじゃないでしょうかね？あと誰が見てもすごい！カッコいい！みたいな
早く倒して報酬が増えたりレアな素材が出やすくなったなんてこともないし意識する必要はないですよ。
ターン数かかってもちゃんと倒すことが出きれば報酬は同じですから気にする必要はないですよ。

戦闘が基本的に3waveなので数をこなす必要があるイベントクエストや素材集めのクエストは1wave、1ターンで終わらせると3ターンなだけですね

あとバフなども基本的に3ターン持続するのが多いので最初にバフをかけてクエストをすると4ターン目でバフが無くなって苦戦しやすくなるからと言うのもあるかと

FGOをいわゆる周回ゲーで、何回も同じクエストやったりするんで、時間効率的に3ターン周回が好まれています。