com3d2について 公式modを髪色に連動したフリーカラーの色変えmodにしたいのですが、R…

フリーカラーに同期させるようなModの場合、SybarisArcEditor等でmenu、mate、texファイルを抽出して作業を行う必要があります。
これらのツールに関しては、もちもち3Dさまのページよりリンクを追えますので、DL先は割愛します。

さて、抽出したファイルをどのように編集していくかですが…
まずは、こちらのものをダウンロードして見てみるといいです。
https://twitter.com/notpriest008/status/1196443203341144064

カスタムメイド3D2+アペンドに付属する衣装の色変えとなりますが、一部をフリーカラーに対応させています。
※ワンピースの羽部分、角。フリーカラー対象は髪・アンダーヘアーの2種類。
なお、Mod作成初期の頃の作品なので、所々無駄処理もあります。

このModの手法としては、下記のように行っています。

1．menuファイル内に、フリーカラーと連動させる記述を追加します。
ただしこのままではテクスチャ全ての色が変わってしまいます。
2．色替えしない部分は、別テクスチャで上塗りします。1で色変えする部分を透明にしておきます。

当然ながら、menu・mateファイルの記述のルール、texファイルとPNGファイルの相互変換、PNG画像の編集など、押さえておきたい知識は結構あります。
一つ一つゆっくりと覚えていくと良いでしょう。

公式MOD形式でフリーカラーの色変えMODを作りたいのか、公式MOD形式で配布されているMODをフリーカラー対応にしたいのか、どちらでしょうか。
前者であれば公式MOD形式はテクスチャ変更機能のみの仕様上menuの記述に制約があるため、必要なファイルを本体から抜き出し改変する方法（あえて公式MOD形式を使用するメリットはないため現在はこちらの方法が主流となっています）でしか作成は不可能です。公式MOD形式で配布されているテクスチャをフリーカラー化したいのであればACCExプラグインなどでテクスチャを抽出する必要があります。
フリーカラー化はcm3d2_e_75でサンプルが配布されていますが、改造者向けものなので最低限の知識がないと厳しいです。
また、どのカテゴリのどんなパーツ（MOD）をフリーカラー化したいのかがわからないとこちらも適切な回答は難しいですね。