将棋ウォーズのアカウントを作るときの初心者のチェックをつけると何が変わるのでしょうか？

そんなのがあるんですね。記憶にないなぁ。たぶん、初期のマッチングにおいて、一般的には2級くらいから当たると思いますが、もっと低い級から当たるのだと思います。勝ち続ければ強い人と当たるので損も得も無いでしょう。推測からの回答です。

何が変わるかの公式発表はない。
私もチェックしたことがなく単一アカウントなので比較したことはない。
想像をすれば、おそらくマッチングに利用されるのではないかと。
この初心者チェックを付けた物同士で初心者同士をマッチングさせることが(嘘をついていなければ)可能になります。
初心者が負け続けて悲しい思いをしにくくなると思います。