将棋ウォーズの早指しで、相手残り5秒から一向に減らなくて時間切れ負けになったのですが、なんかそう

それ、15手以上て明らかにおかしいと思います。
1手や2手ならバグの可能性も、あると思いますが、15手以上とかはソフト指しとかの不正使用の可能性もあると思います。

ウォーズは運営に質問できる欄が下のほうにありますので、事例と日時、対局相手のID等を入力して、違反報告を視野に入れて聞いたほうがいいですよ。
こういう事はあり得るのかと。

私も過去に質問した事がありますが、返事自体は１日ぐらいで返ってきました。
あまり、いい返事は期待できませんが、もし不正使用だとしたら、そんな人を放っておいては他のユーザーにも迷惑がかかりますので、確認して必ず聞いてみる必要はあると思います。

あると思います。方法知らないけど。
10秒将棋で指していて、相手の残り秒数が0になるけど時間切れにならない。0のまま5秒ぐらい経って相手が指す、それが1回じゃなくて終盤の連続でやられちゃって、負けたことあります。
「えー、こっち10秒、相手15秒将棋じゃん酷いなあ」と思いました。

あるんでしょう。運営には「新機能追加」ではなく、この「対局が不平等であるバグの解決」をやれと言いたくなる。