モンハンライズの太刀で見切り斬りで敵に当てたのに、ゲージが回復するときとしないときがあるんですけど

カウンターが成功したかどうかです。成功した場合は見切り斬りヒット時ゲージが回復し、大回転や無双斬りに派生できます。
見切り斬りはそもそもゲージがないとカウンター判定が発生しません。ゲージが少しでもある時に見切り斬りをし、カウンター判定の受付時間中に敵の攻撃が当たることで初めてカウンターが成功します。ワールドよりも判定が小さいような気がするので、敵の攻撃にあたりに行くような方向に見切りを入力すると成功しやすいです。

見切りを出した後に相手の攻撃が当たって(いなす？)初めて見切り成功です。もし攻撃が当たっていなければただ見切りのモーションをしただけです。
その攻撃が当たった判定の後に的に見切り後の攻撃を当てるとゲージが回復します。逆に見切りはしたものの相手の攻撃が当たった判定になっていない場合は、見切り後の攻撃を当ててもゲージが回復しません。

今のは当たったやろ、みたいな攻撃も当たってない判定の事があるのでその辺は経験ですね。